Cuando un Acuerdo Anticipado de Precios de Transferencia (APA) trate de importación de mercancías, este debe ser suscrito por el Servicio de Impuestos Internos y el Servicio Nacional de Aduanas.
Para estos efectos, el Ministerio de Hacienda, estableció el procedimiento de actuación conjunta de los Servicios, mediante Resolución N°64 de 2016. Entre otros tópicos, la resolución indica que los APA, deben ser presentados ante el Servicio de Impuestos Internos, quien debe ponerlos en conocimiento del Servicio Nacional de Aduanas, y además establece que los Servicios, mediante resolución, fijarán las instancias de coordinación y sus respectivos procedimientos y plazos para los efectos de resolver los APA.
En los APA de importación de mercancías, el Servicio de Impuestos Internos es el coordinador de todo el procedimiento ante el contribuyente, siendo el Departamento de Análisis de Riesgos Internacionales y Grupos Empresariales de la Subdirección de Fiscalización la unidad que tiene a cargo este proceso.