Sí, los Pagos Provisionales Obligatorios deben ser efectuados independientemente de que se traten de ingresos o ventas afectos o exentos de IVA.
Puede obtener más información relativa a este tema en el sitio web del SII, menú Normativa y legislación, Legislación tributaria básica, opción Ley sobre Impuesto a la Renta, específicamente el artículo 84.