Para rectificar el Formulario 50, el SII ha dispuesto las siguientes vías:
Mediante una Petición Administrativa, ingresando a Servicios online, Peticiones Administrativas y otras Solicitudes, Peticiones administrativas y otras solicitudes, opción Ingresar petición administrativa y otras solicitudes, Peticiones Administrativas, donde debe seleccionar la Materia "Rectificatoria de formulario 50". Debe aportar el borrador de la rectificatoria y los antecedentes que la respalden.
En la oficina del SII correspondiente al domicilio del contribuyente o de la casa matriz, si es que existen sucursales. Para ello, se deberá presentar, además de la declaración que registra las correcciones, los documentos que respalden dichas correcciones, según el impuesto que se rectifique y que están precisados en la Circular N°37 de 2004. Estos antecedentes serán revisados por un funcionario del SII habilitado para ello. De existir una diferencia que genere un mayor pago, se emitirá uno o más giros, los que podrán ser pagados en cualquiera de las instituciones recaudadoras autorizadas.