Sí, se afecta con IVA el aporte realizado, en la medida en que el vendedor hubiese tenido el derecho al Crédito Fiscal, de acuerdo con el artículo 8°, letras a) y m), de la LIVS, según redacción vigente hasta el 31.12.2015.
A partir del 01/01/2016, la letra m) referida a la venta de bienes del activo fijo, es reemplazada totalmente en su texto, por la Ley N°20.780, publicada en el Diario Oficial del 29/09/2014, en la que se contiene la Reforma Tributaria.
Puede obtener más información relativa a este tema en el sitio Web del SII, menú Normativa y legislación, opción Legislación tributaria y convenios internacionales, Legislación Tributaria Básica.