Sí, es posible poder firmar en el Sistema de facturación gratuito del SII con Firma Electrónica Avanzada (tanto en Windows, como en Mac OS X), para esto debe solicitar a su proveedor de Firma Electrónica los drivers necesarios para esta operación.
Otra posibilidad, más simple y efectiva, es que el contribuyente obtenga una Firma Electrónica Simple.
Para más información consultar la Guía Para Instalar Certificado Digital.